Centrum Algatech

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. - vědecké pracoviště Třeboň

Detailní informace k probíhajícím analýzám viru SARS-CoV-2 v MBÚ AV ČR v Třeboni

Z médií i ze sociálních sítí se k řadě z Vás dostala informace, že třeboňské pracoviště Mikrobiologického ústavu AV ČR (MBÚ), které sídlí na Opatovickém mlýně, získalo souhlas k provádění testů na přítomnost viru SARS-CoV-2 ve vzorcích pacientů odebíraných v nemocnici v Jindřichově Hradci. Spolu s touto informací se objevily i požadavky o informaci, jak test probíhá a zda není ohrožena Třeboň nebo její region.
Obecně řečeno, existují dva způsoby, jak prokázat onemocnění COVID-19. Prvním z nich je prokázání přítomnosti protilátek u člověka, což je vhodné hlavně pro zpětné vyhodnocení, kdo onemocnění prodělal. Tedy i těch, kteří jej prodělali bez příznaků. Především v raném stádiu onemocnění nemusejí být ale protilátky zatím ještě přítomné a test by nebyl přesný.
Druhým způsobem, jak prokázat onemocnění COVID-19, přesněji řečeno jak prokázat, zda virus v těle máme či nemáme, je určení přítomnosti genetické informace viru ve vzorku. A protože SARS-CoV-2 je takzvaným RNA virem, hledá se jeho RNA. A jak tento test probíhá?
Vzorek je v nemocnici odebrán speciální štětičkou, která z horních cest dýchacích setře jejich povrch. V tomto vzorku jsou přítomny lidské buňky, bakterie, pylová zrna (je jaro), fragmenty peří z peřin, roztoči, jiné viry (a další věci, které jsme do nosu nasáli) a případně i virus COVID-19. Štětička se vzorkem se po výtěru ihned hermeticky vloží do zkumavky a následně zabalí do třech ochranných obalů. Takto je transportován na předávací místo v MBÚ v Třeboni. Zde je poslední, vnější obal vzorků desinfikován 80 % etanolem a teprve pak přenesen do speciální uzavřené místnosti s boxem, kterému se říká laminární. Ten je uzpůsoben tak, že stále nasává vzduch, a tudíž se z něj žádný mikroorganismus nedostane ven. Vzduch následně prochází přes speciální filtry. Tyto boxy jsou v MBÚ běžně používány a splňují všechna nejpřísnější kritéria bezpečnosti. Jejich použití je podle bezpečnostních předpisů podmínkou možnosti testování.
V boxu technik postupně odstraní ochranné obaly a štětičku se vzorkem přenese do „lyzačního roztoku“, který téměř okamžitě rozloží všechny buněčné membrány a zneškodní vše, co se ve vzorku nachází, včetně hledaného viru. Je to takzvaný inaktivační krok a od této chvíle není vzorek infekční a může se s ním pracovat ve standardně zabezpečené laboratoři se standardními ochrannými pomůckami, které chrání pracovníky před případným kontaktem se vzorkem a naopak i vzorek před kontaminací z prostředí, který by test mohl ovlivnit.
Nyní máme ve zkumavce veškeré genetické informace ze vzorku, tedy lidské, bakteriální, virové, rostlinné (vzpomeňte ten pyl) a podobně. Část z nich je ve formě DNA, další ve formě RNA. A protože virová genetická informace je ve formě RNA, musíme ze vzorku izolovat pouze a jen RNA a abychom ji mohli dále analyzovat, musíme si z ní speciálními enzymy vyrobit DNA.
Následuje řada laboratorních postupů, na jejichž konci se do vzorku přidají tzv. „primery“, úseky DNA, které rozpoznají určitý úsek šňůrky genetické informace viru a usadí se na jeho okraje. Vlastně nám tak označí začátek a konec textu, který má jen a jen hledaný virus. Přístroj, který nyní přichází na scénu je tzv. „real time PCR“, pravá ruka molekulárního genetika současnosti. A tento přístroj se nastaví tak, aby všechny označené úseky virové DNA mnohonásobně nakopíroval a přitom zároveň měřil kolik nové „virové“ DNA vytvořil. Takto sdělí nejenom, zda je virus přítomen, ale, za určitých podmínek, také kolik jej ve vzorku je.
Hloubavější čtenáři namítnou, „co když se v nose špatně šťouralo a vzorek se neodebral?“. Ano, to by pak byla špatná negativita a o člověku možná nakaženém, bychom tvrdili, že nakažený není. Test pamatuje i na toto. A proto to samé, co se děje s virovou šňůrkou RNA, se děje i s jedním lidským úsekem RNA, který, byl-li vzorek řádně odebrán, je vždy přítomen. A pokud se tedy objeví ve výsledcích, pracovalo se správně nejen při odběru, ale i během celé složité analytické procedury.
Takto prováděný test trvá minimálně 6 – 7 hodin. Veškeré vzorky procházejí testem pod číslem, nikoliv pod jménem vyšetřovaného.

Mám rád podobenství. Představme si, že hledaný virus je jablko „Reneta“. Přišli jsme do sadu, kde jsou všechny možné ovocné stromy. Jenom strom s renetami nám může ublížit. Nejprve ovoce setřeseme. Je dole a už nám neublíží (= inaktivace). Pak vybereme jablka (= izolace RNA). Pak na každou stopku a pupík všech jablek zkusíme nasadit formičku, která pasuje jen na renety (= primery). A pak spočítáme, kde se nám to povedlo a kolik renet vlastně máme, pokud vůbec nějaké (= PCR).

 

Dr. Richard Lhotský, Laboratoř řasové biotechnologie
Dr. Kateřina Bišová, Laboratoř buněčných cyklů řas

2. dubna 2020
Foto: MBÚ Třeboň

Představujeme Vám tým Algakov

Mikrobiologický ústav AV ČR - Centrum Algatech v Třeboni Vám představuje tým Algakov! Jeho aktivními členy jsou prof. Prášil, dále dr. Bišová, doc. Koblížek a dr. Hrouzek (vedoucí třech našich laboratoří), vědečtí pracovníci dr. Tichý, dr. Piwosz a další, kteří nejsou na snímku, technici a administrativa - ing. Budín, J. Dean a A. Střížek (není na snímku). Autorem proutěného Covid -19 je pan Břetislav Černý z našich dílen (na snímku vpravo). Za poslední tři dny provedl náš tým cca 120 analýz vzorků odebraných v okrese Jindřichův Hradec.

Aktuální informace

Včera proběhl v MBÚ AV ČR - Centru ALGATECH v Třeboni první den analýz reálných vzorků z Nemocnice v Jindřichově Hradci. Všech 42 dodaných vzorků bylo na Covid-19 negativních. Dnes budeme v testování pokračovat. Velký dík všem, kteří se na tomto společném úsilí podílejí! Ostatním kolegům děkujeme za trpělivost, podporu a porozumění. (Ilustrační obrázek www.pixabay.com).

Z Laboratoře buněčných cyklů řas

Special Issue "Cell Cycle Regulation of Algae" Guest Edited by Dr. Kateřina Bišová. Read more►

Čeští a rakouští vědci slaví úspěch

Projekt „REEgain - Udržitelná biologická recyklace ekologicky problematických látek (prvků vzácných zemin) z elektronického odpadu a vody (ATCZ172)“ programu INTERREG V-A Rakousko-Česká republika byl vybrán dolnorakouskou vládou jako ukázkový projekt! Při té příležitosti bylo k projektu natočeno nové propagační video - shlédnout můžete na této adrese: https://youtu.be/dcOHqJH0Bu8. Čeští a rakouští vědci dokážou ekologicky recyklovat prvky vzácných zemnin z elektronického odpadu! Tisková zpráva zde►

Sympozium o produkci mikrořas ve Welsu, Rakousko

10. prosince 2019 proběhne v hornorakouském Welsu sympozium „Microalgae as Future Production Systems“ zaměřené na biotechnologii mikrořas.
Sympozium je součástí projektu Algenetics programu Interreg CZ-AT. Více informací zde

AB/Akademický bulletin 10/2019

Na straně 10 v sekci Ocenění článek o získaném prestižním ERC grantu prof. Komendy. Čtěte zde

Napsali o nás

https://sciencebusiness.net/news/how-attract-more-erc-eu10m-grants-eastern-europe

Foto, text: Science Business Publishing Ltd.

Reportáž k unikátnímu projektu PhotoRedesign prof. Komendy

na ČT24 z 16.10., 10:30, 21:09 min. https://www.ceskatelevize.cz/…/10101491767-…/219411058061016

Prof. Komenda získal 2 500 000 eur na lepší využití sluneční energie

Jak účinněji využívat sluneční energii a zvýšit pohlcování oxidu uhličitého na Zemi? S unikátním projektem PhotoRedesign přišel prof. Josef Komenda z Mikrobiologického ústavu Akademie věd ČR - Centra Algatech v Třeboni. „Získání grantu dokládá vysokou úroveň naší dosavadní vědecké činnosti, která se orientuje především na základní výzkum fotosyntézy. Grant významně přispěje k dalšímu rozvoji třeboňského pracoviště a díky úzké spolupráci s laboratořemi v Německu a Velké Británii pomůže začlenit do naší práce nové směry výzkumu, jako je syntetická biologie,” říká vedoucí laboratoře fotosyntézy Mikrobiologického ústavuJosef Komenda. Zaměřuje se na skládání fotosyntetických komplexů proteinů s pigmenty, které hrají důležitou roli ve využití sluneční energie. Čtěte více

ČTK

https://www.ceskatelevize.cz/ivysilani/12094108610-regiony-ct24/319281381961019/obsah/727479-uspesni-vedci

https://www.ceskatelevize.cz/ivysilani/11633975240-veda-24/219411058340032

Novinky.cz

ČT24

SCIENCEmag.cz

Cysnews

Ekolist.cz

https://plus.rozhlas.cz/grant-za-dva-a-pul-milionu-eur-na-vyvoj-superorganismu-miri-do-ceska-8091098

https://media.monitora.cz/pdf-preview/2711/69996428-be48b212b1507d64ac7d/

https://media.monitora.cz/pdf-preview/2711/69995856-84e2819cce9c536ba3ed/

http://trebon.zeleni.cz/josef-komenda-z-mikrobiologickeho-ustavu-v-treboni-ziskal-grant-s-25-miliony-e/?fbclid=IwAR1rn-37KMMxXIquqUtV-6pRDAjfpIsf_-AUTTXC__BoodXfsUoz5rXG3dg

iDNES.1cz 1/11/2019

TÉMA 45/2019,18-22

Festival vědy 2019

Věda v profesích“ – bylo motto letošního, již sedmého ročníku Festivalu vědy, který se konal na travnatých plochách před ČVUT u Vítězného náměstí v Praze 6. Festival, který je společným projektem vysokých škol, akademických a volnočasových institucí, měl tentokrát ukázat, že věda má rozmanité podoby i využití v každodenním životě. Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum ALGATECH v Třeboni se této propagační akce účastnilo poprvé. Festival navštívilo 18 000 návštěvníků všech věkových kategorií. 

 

 

 

Veletrh vědy a výzkumu Univerzity Palackého 2019

Letošní ročník této popularizační akce pořádané Univerzitou Palackého v Olomouci zval ná-vštěvníky do fascinujícího světa vědy. Akce se konala v pátek 7. a v sobotu 8. června. Prostřednictvím zábavných interaktivních experimentů, soutěží či představení návštěvníci poznávali rozličné aspekty každodenního využití vědy, vyzkoušet si je přišlo více než 3000 návštěvníků. Naše Centrum ALGATECH Mikrobiologického ústavu v Třeboni, zaujalo svou expozicí návštěvníky všech věkových kategorií. Prezentován byl způsob kultivace mikroskopických řas a sinic pomocí kultivátoru se sedmi válci s různými druhy řas a sinic, které také měly různé zbarvení. Návštěvníci tak mohli na první pohled pozorovat, jak vekou diverzitou skupina řas a sinic disponuje. Tisková zpráva zde

 

Veletrh vědy Akademie věd ČR 2019.

Poprvé se Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum Algatech zúčastnil veletrhu vědy v pražských Letňanech v roce 2016. Tehdy se návštěvnost této akce odhadovala na 8 000 návštěvníků. Po třech letech této reprezentativní akce většiny ústavů Akademie věd se návštěvnost vyšplhala na rekordních 30 000 návštěvníků. Na ploše 8 000 metrů tentokrát od 6. do 8. června vystavovalo více než 100 ústavů AV ČR, univerzit z celé republiky a firem zabývajících se inovacemi. Centrum Algatech ve své expozici prezentovalo svou činnost v oblasti základního i aplikovaného výzkumu mikroskopických řas a sinic. Tisková zpráva zde

We would like to invite you

to a lecture by Prof. Carl Johnson, Ph.D., Stevenson Professor of Biological Sciences at Vanderbilt University in Nashville, TN https://en.wikipedia.org/wiki/Carl_H._Johnson
entitled "As Time Glows By: Circadian Clocks and Biotech in Cyanobacteria". The lecture will take place on Friday 21.6. at 10am in the conference room of Centre Algatech, Novohradská 237 – Opatovický mlýn, second floor. The lecture is free, everyone is welcome. Invitation


Kvantové tečky a řasy Chlamydomonas Reinhardtii v ekosystému.
Kredit: Elzorkany et al. (2019).

Jak si zelené řasy Chlamydomonas poradí s kvantovými tečkami?

Kvantové tečky jsou polovodičové nanokrystaly o rozměrech jednotek až několik desítek nanometrů. Jejich velikost přímo ovlivňuje optické a elektronické vlastnosti, díky nimž jsou dnes velmi populární v nanotechnologiích a objevují se v celé řadě výzkumných projektů i praktických aplikací. Často se využívají v medicíně, průmyslu i v dalších odvětvích. Vzhledem k jejich intenzivnímu uplatnění a také nepatrné velikosti se docela dobře může stát, že se dostanou do vody a následně i do potravinového řetězce vodních organismů. Pokud chceme používat kvantové tečky v každodenních technologiích, tak bychom nejprve měli obstojně znát jejich vliv na životní prostředí, včetně organismů, které tam žijí. Radek Kaňa z Centra Algatech v Třeboni a Přírodovědecké fakulty Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, a jeho kolegové v mezinárodním výzkumném týmu, zhodnotili vliv kvantových teček na zelenou sladkovodní řasu Chlamydomonas reinhardtii. (Elzorkany, H. E., Farghali, M. A., Hassan, M. A., El-sayed, K., Canonico, M., Konert, G., Farroh, K., Elshoky, H. A., Kaňa, R. 2019. Ecotoxicology impact of silica-coated CdSe/ZnS quantum dots internalized in Chlamydomonas reinhardtii algal cells. Science of The Total Environment 666: 480–489).
Text: Přírodovědecká fakulta Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.  

Kontakt: Mgr. Radek Kaňa, Ph.D. (kana at alga.cz)

Řasoví biotechnologové se potkali pod Alpami

Každoroční setkání řasových biotechnologů Rakouska, Německa a Švýcarska, „Netzwerk Algen“ hostil v tomto roce Innsbruck. Konference je každý rok zaměřená na jiné téma, loňskou problematiku kontaminace velkoobjemové produkce mikrořas vystřídaly nyní cenné látky a izolace nových kmenů mikrořas. Celý článek zde


TEXT: Richard Lhotský
FOTO: Řasa Haematococcus pluvialis v „červeném“ stádiu. Eckhard Völcker (Flickr, CC BY-NC-SA 2.0)

Zveme Vás na seminář

Kumar Saurav, Ph.D.: Potential role of microbial metabolites towards the development of disease Alveld.  Seminář se uskuteční v pátek 15. 2. 2019 ve 13:00 v konferenční místnosti Mikrobiologického ústavu AV ČR - Centra ALGATECH v Třeboni. Seminář je financovaný z Operečního programu Výzkum, vývoj a vzdělávání v rámci programu Mezinárodní mobility výzkumných pracovníků  - MSCA-IF II Reg. č. CZ.02.2.69 / 0.0 / 0.0 / 18_070 / 0010493. Pozvánka

 

Nabízíme pronájem fotobioreaktoru pro pěstování mikrořas s vnitřním LED osvětlením

Ověřovací fotobioreaktor o objemu cca 1000 litrů s vnitřním osvětlením pomocí LED panelů s intenzitou světla 100 W/m2 do 7 cm, s regulací teploty, vzdušnění a s měřením základních veličin potřebných pro růst mikrořas.Možnost nastavení teploty od 15 - 60oC. Kultivační tank z nerezové oceli. Pro více informací pište na lhotsky@alga.cz.

Třeboňské pracoviště Mikrobiologického ústavu AV ČR jednalo o spolupráci s Ománem

Když byl v létě 2017 na měsíční „zkušené“ v Třeboni student Hafid z ománské Sultan Qaboos University, mluvilo se i o možné spolupráci mezi jeho domovskou univerzitou a třeboňským Centrem Algatech v oblasti řasových biotechnologií. Po roce tak třeboňské pracoviště navštívili profesoři Saif Nasser Al-Bahry a Yahya M. Al-Wahaibi s nabídkou konkrétních obrysů vzájemného partnerství. Ománská univerzita bere řasové biotechnologie velmi vážně, založila Výzkumné centrum mořské biotechnologie, smlouvu o spolupráci již podepsala se švédskou společností Swedish Algae Factory na kultivaci místních mořských rozsivek pro produkci látek pro kosmetický průmysl. Swedish Algae Factory vznikla jako spin-off firma göteborgské univerzity. Obdobnou spolupráci navázal Omán s Islandem, společným tématem je využití mořských řas v petrochemickém průmyslu a přínos místním komunitám rybářů v obou zemích. Sklizeň mořských řas je vhodnou ekonomickou alternativou ke klesajícím možnostem rybolovu jak na Islandu, tak v Ománu. Během jednání v Třeboni se obě strany shodly na dvou oblastech spolupráce – na dodání technologie testování autotrofních i heterotrofních mikrořas přímo do Ománu a naopak, testování obsahu cenných látek v mikrořasách z Ománu, ať již sladkovodních, mořských nebo půdních (pouštních). Dá se totiž předpokládat, že mikrořasy rostoucí v extrémních podmínkách budou obsahovat zajímavé látky. V Třeboni by tak proběhly chemické analýzy, testování případných bioaktivních látek na tkáňových kulturách a stanovení růstových parametrů. 

Foto a text: Richard Lhotský

Český vědec pomohl odhalit, jak vzniká jed v mořských řasách

Od osmdesátých let minulého století se objevovaly případy těžkých otrav lidí i mořských savců způsobených přemnožením mořských řas obsahujících nebezpečný neurotoxin. Vědci se téměř třicet let snažili zjistit, jak tento jed v řasách vzniká. Práce mezinárodního vědeckého týmu nyní vyvrcholila objevem publikovaným v prestižním časopise Science, na němž se podílel i český biolog: Miroslav Oborník z Biologického centra AV ČR a Jihočeské univerzity.

Celý článek zde http://www.avcr.cz/cs/pro-media/aktuality/Cesky-vedec-pomohl-odhalit-jak-vznika-jed-v-morskych-rasach/

Připravil: Odbor mediální komunikace Kanceláře AV ČR na základě tiskové zprávy Biologického centra AV ČR 
Ilustrační foto: Biologické centrum AV ČR