Centrum Algatech

Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i. - vědecké pracoviště Třeboň

Zveme Vás na seminář

Kumar Saurav, Ph.D.: Role of cyanobacterial lipopeptides in the development of alveld disease-Algaveld

which will take place on Monday 24.8.2020 at 1:00 pm in the Institute of
Microbiology af the CAS – Centre ALGATECH – upper seminar room in Třeboň.

Everyone is welcome!

The seminar is part of the project: International mobility of researchers - MSCA-IF II (Institute of Microbiology of the CAS, v. v. i.) reg. nr. CZ.02.2.69/0.0/0.0/18_070/0010493 funded by Operational Programme Research, Development and Education.

 

Studenti z dolnorakouského Yspertalu se seznamovali s řasovou biotechnologií

Rakouští účastníci Letní školy vodňanské Fakulty rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity navštívili Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum Algatech v rámci svého dílčího studijního projektu zaměřeného na výživu ryb.

V Třeboni studenti absolvovali tři přednášky – Historie a současnost řasové biotechnologie v Třeboni (dr. Lhotský), Kultivační systémy pro pěstování mikrořas s ohledem na využití odpadních zdrojů živin (prof. Masojídek) a představení aplikačních projektů EU v Třeboni (Ing. Ranglová). Po přednáškách následovala prohlídka kultivačních zařízení Centra Algatech.

Domovskou školou rakouských studentů je privátní Vyšší odborná škola pro životní prostředí a hospodářství spadající pod cisterciácký klášter ve Světlé (Zwettl). Pětileté studium je zaměřené na ekologii, ochranu životního prostředí, environmentální analýzu a technologie, udržitelnou ekonomii a na právo v životním prostředí.

Během Letní školy pracují studenti na konkrétním výzkumném projektu a svou práci na závěr Letní školy obhajují. V roce 2020 se podílejí i na mezinárodním Interreg projektu Algae4Fish, jehož českými partnery jsou Jihočeská univerzita a Mikrobiologický ústav – Centrum Algatech, v Rakousku pak firma Best a Spolkový úřad pro vodní hospodářství. Tento projekt je zaměřen na využití mikrořas pro odchov plůdku candáta. (Text: Richard Lhotský, Ph.D.)

Propojení mikrobiologie a architektury

9. července proběhla vernisáž výtvarně – architektonického projektu Photosynthetic landscape. Tento projekt se pokouší propojit městský prostor s živými organismy prostřednictvím fotobioeaktoru – technologického zařízení, které je určené k pěstování mikrořas s využitím slunečního či umělého světla. V očích umělců a architektů ale dostává biotechnologické zařízení nový rozměr, stává se technologizovanou zelení v městském prostoru, součástí architektury. Expozice Photosynthetic Landscape, Fotosyntetická krajina, je součástí multidisciplinární platformy Hacking the Nature, která propojuje architekturu, vědu a prostorové umění, technologické a estetické prvky. Studenti Vysoké školy uměleckoprůmyslové v Praze strávili několik dní v třeboňském Centru ALGATECH Mikrobiologického ústavu AV ČR, kde se v průběhu workshopu vedeném MgA. Veronikou Miškovičovou seznámili s kultivačními systémy pro pěstování mikrořas a výtvarný záměr tak mohl získat i technologickou funkčnost. Mikroskopické řasy jsou přece jen živé organismy, které potřebují živiny, vodu, pohyb a celá expozice potřebuje technologické zázemí. Odborně se studentům UMPRUM věnoval prof. Jiří Masojídek se svým týmem z Laboratoře řasové biotechnologie MBÚ AV ČR.

Instalace „Photosynthetic landscape“ je k vidění v Galerii Nevan Contempo Prague až do 31.8.2020. (Text: Richard Lhotský, Ph.D., Foto: Photosynthetic landscape).

„Technologizace přírody je často negativně asociovaná s úbytkem přírodního na úkor technologického. Co se stane, když tyto elementy navzájem propojíme? Instalace Photosynthetic landscape si klade za cíl prozkoumat funkční, prostorové a estetické vlastnosti mikrořas jako živého produktivního prvku existujícího v aktivním městském prostoru.“  (Z informačního letáku Photosynthetic landscape)

Dne 24. června 2020 proběhlo v MBÚ AV ČR – Centru ALGATECH v Třeboni závěrečné oponentní řízení k projektu udržitelnosti Centra ALGATECH (2015-19), financovaného z Národního programu udržitelnosti MŠMT. Projekt byl vyhodnocen jako vynikající, s prokazatelným dopadem na mezinárodní trendy ve vědě a výzkumu. Celková výše dotace za uplynulých pět let jeho realizace činila téměř 113 mil. Kč.
                    

Aktuální informace pro zájemce o testování na Covid-19

Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum ALGATECH v Třeboni nadále úspěšně pokračuje v testování vzorků z Nemocnice Jindřichův Hradec na přítomnost koronaviru metodou PCR. Protože se nám však množí dotazy ze stran veřejnosti, jak je to s možností odebírání vzorků přímo u nás v Opatovickém mlýně, sdělujeme Vám následující: Naše centrum není oprávněno odebírat vzorky zájemcům ze stran samoplátců. Za tímto účelem otevřela Nemocnice Jindřichův Hradec mobilní odběrové centrum pro nemocné s podezřením na onemocnění koronarovirem. Všechny potřebné informace o tom, jak celý proces probíhá, naleznete na této stránce https://www.nemjh.cz/korona-centrum. Mobilní odběrové centrum v podobě stanu je umístěno ve spodní části areálu nemocnice. Pokud tedy máte zájem o provedení odběru a testů, obraťte se prosím přímo na toto uvedené místo. Děkujeme za pochopení!

Aktuální informace o průběhu testování v MBÚ Třeboň

Již tři týdny v Mikrobiologickém ústavu AV ČR – Centru ALGATECH v Třeboni v Opatovickém mlýně probíhá každodenní testování vzorků z Nemocnice Jindřichův Hradec na přítomnost koronaviru metodou PCR. Koncem března, kdy propukla epidemie koronaviru a byl kritický nedostatek testovacích kapacit, nabídla akademická pracoviště své odborné znalosti a potřebné přístrojové vybavení. Tehdy se všechny vzorky z celého kraje vozily k analýze do Budějovic a doba zpracování byla velmi dlouhá. V Třeboni vznikla nabídka pomoci přetíženému zdravotnictví spontánně mezi vědeckými pracovníky, kteří se zabývají molekulární biologií. Kontaktovali jsme Nemocnici v Jindřichově Hradci, která naší nabídku uvítala, a od té doby úzce spolupracujeme. Nejprve jsme museli od Státního zdravotního ústavu získat potřebnou licenci, která zaručuje, že splňujeme všechny přísné bezpečnostní a laboratorní podmínky. Pro laboratorní analýzy jsme vyčlenili jednu speciálně vybavenou laboratoř a vyškolili týmy, které se při provádění analýz střídají. Krajský holding nemocnic nám zajistil dodávku ochranných prostředků pro práci s virem. Třicátého března jsme začali „naostro“ s analýzou prvních 63 vzorků od Nemocnice Jindřichův Hradec. Vzorky odebrané pacientům v odběrovém stanu nebo na odděleních nemocnice jsou k nám dopravovány několikrát denně sanitkou v kontejnerech s několika bezpečnostními obaly. Po příjezdu jsou vzorky přemístěny do izolačního boxu, kde jsou okamžitě inaktivovány a nadále již nejsou infekční. Toto probíhá v uzavřené místnosti, kam má přístup jen obsluha vybavená speciálními ochrannými prostředky. Pak jsou ze vzorku vyizolovány nukleové kyseliny. Z jejich složení poznáme, zda je pacient napaden virem Covid-19. Poslední část měření, která stanovuje přítomnost a množství viru, již může probíhat v běžné laboratoři.  Celý proces od přijetí vzorku až k hlášení výsledku nám zabere pět až šest hodin. Vše se dělá manuálně a na analýze se podílí tým šesti až deseti lidí ze všech čtyř našich laboratoří, včetně administrativní podpory. Abychom zabezpečili co nejrychlejší odeslání výsledků na hygienickou stanici, pracujeme na směny.  Jednou za měsíc, o víkendové směně, také zpracováváme vzorky z celého kraje.

K dnešnímu dni, tj. k 20. dubnu 2020 jsme provedli analýzy u více než 750 vzorků. Výsledky každý den veřejnosti hlásí Krajská hygienická stanice v Českých Budějovicích. Dosavadní údaje jsou ve shodě s údaji celorepublikových statistik s tím, že v posledním týdnu začalo pozitivních nálezů rapidně ubývat. Jindřichohradecko má patrně nejméně pozitivních případů na počet obyvatel. Jsme velice rádi, že provádění analýz probíhá v našem centru poměrně rychle a to i ve srovnání s ostatními laboratořemi v České republice. Testovaní tak znají výsledky zpravidla do druhého dne od data odběru. Během uplynulých týdnů proběhlo testování i v řadách našich zaměstnanců bez jakéhokoli pozitivního nálezu. Celý proces je velmi náročný, jak po organizační, časové i finanční stránce. Proto bychom chtěli touto cestou poděkovat za pomoc i spolupráci všem našim zaměstnancům, kolegům ze spolupracujících laboratoří Biologického centra AV ČR, Přírodovědecké fakulty JčU a Nemocnice v Českých Budějovicích, vedení Jihočeského kraje, zejména Dr. Z. Roithové za příkladnou koordinaci celého úsilí, Městu Třeboň za zprostředkování ubytovacích kapacit pro případné dobrovolníky našeho centra a Krajské hygienické stanici v Českých Budějovicích a Ministerstvu zdravotnictví ČR za materiálovou podporu.

Ondřej Prášil a Markéta Stefanová, MBÚ AV ČR - Centrum ALGATECH Třeboň, Opatovický mlýn
Foto: © Shutterstock

Informace pro zájemce o koupi sušené řasové biomasy

Chlorellu ve formě sušené biomasy lze v současné době v MBÚ AV ČR - Centru ALGATECH v Třeboni zakoupit pouze po telefonické domluvě. Zájemci o sušenou biomasu ke konzumaci kontaktujte prosím paní Pivcovou na telefonním čísle 384 340 414. Připravenou objednávku si pak budete moci vyzvednout na vrátnici našeho centra. Zájemci o krmnou biomasu kontaktujte prosím paní Pekařovou na telefonním čísle 384 340 463. Děkujeme za pochopení. (Foto: Richard Lhotský).

Detailní informace k probíhajícím analýzám viru SARS-CoV-2 v MBÚ AV ČR v Třeboni

Z médií i ze sociálních sítí se k řadě z Vás dostala informace, že třeboňské pracoviště Mikrobiologického ústavu AV ČR (MBÚ), které sídlí na Opatovickém mlýně, získalo souhlas k provádění testů na přítomnost viru SARS-CoV-2 ve vzorcích pacientů odebíraných v nemocnici v Jindřichově Hradci. Spolu s touto informací se objevily i požadavky o informaci, jak test probíhá a zda není ohrožena Třeboň nebo její region.
Obecně řečeno, existují dva způsoby, jak prokázat onemocnění COVID-19. Prvním z nich je prokázání přítomnosti protilátek u člověka, což je vhodné hlavně pro zpětné vyhodnocení, kdo onemocnění prodělal. Tedy i těch, kteří jej prodělali bez příznaků. Především v raném stádiu onemocnění nemusejí být ale protilátky zatím ještě přítomné a test by nebyl přesný.
Druhým způsobem, jak prokázat onemocnění COVID-19, přesněji řečeno jak prokázat, zda virus v těle máme či nemáme, je určení přítomnosti genetické informace viru ve vzorku. A protože SARS-CoV-2 je takzvaným RNA virem, hledá se jeho RNA. A jak tento test probíhá?
Vzorek je v nemocnici odebrán speciální štětičkou, která z horních cest dýchacích setře jejich povrch. V tomto vzorku jsou přítomny lidské buňky, bakterie, pylová zrna (je jaro), fragmenty peří z peřin, roztoči, jiné viry (a další věci, které jsme do nosu nasáli) a případně i virus COVID-19. Štětička se vzorkem se po výtěru ihned hermeticky vloží do zkumavky a následně zabalí do třech ochranných obalů. Takto je transportován na předávací místo v MBÚ v Třeboni. Zde je poslední, vnější obal vzorků desinfikován 80 % etanolem a teprve pak přenesen do speciální uzavřené místnosti s boxem, kterému se říká laminární. Ten je uzpůsoben tak, že stále nasává vzduch, a tudíž se z něj žádný mikroorganismus nedostane ven. Vzduch následně prochází přes speciální filtry. Tyto boxy jsou v MBÚ běžně používány a splňují všechna nejpřísnější kritéria bezpečnosti. Jejich použití je podle bezpečnostních předpisů podmínkou možnosti testování.
V boxu technik postupně odstraní ochranné obaly a štětičku se vzorkem přenese do „lyzačního roztoku“, který téměř okamžitě rozloží všechny buněčné membrány a zneškodní vše, co se ve vzorku nachází, včetně hledaného viru. Je to takzvaný inaktivační krok a od této chvíle není vzorek infekční a může se s ním pracovat ve standardně zabezpečené laboratoři se standardními ochrannými pomůckami, které chrání pracovníky před případným kontaktem se vzorkem a naopak i vzorek před kontaminací z prostředí, který by test mohl ovlivnit.
Nyní máme ve zkumavce veškeré genetické informace ze vzorku, tedy lidské, bakteriální, virové, rostlinné (vzpomeňte ten pyl) a podobně. Část z nich je ve formě DNA, další ve formě RNA. A protože virová genetická informace je ve formě RNA, musíme ze vzorku izolovat pouze a jen RNA a abychom ji mohli dále analyzovat, musíme si z ní speciálními enzymy vyrobit DNA.
Následuje řada laboratorních postupů, na jejichž konci se do vzorku přidají tzv. „primery“, úseky DNA, které rozpoznají určitý úsek šňůrky genetické informace viru a usadí se na jeho okraje. Vlastně nám tak označí začátek a konec textu, který má jen a jen hledaný virus. Přístroj, který nyní přichází na scénu je tzv. „real time PCR“, pravá ruka molekulárního genetika současnosti. A tento přístroj se nastaví tak, aby všechny označené úseky virové DNA mnohonásobně nakopíroval a přitom zároveň měřil kolik nové „virové“ DNA vytvořil. Takto sdělí nejenom, zda je virus přítomen, ale, za určitých podmínek, také kolik jej ve vzorku je.
Hloubavější čtenáři namítnou, „co když se v nose špatně šťouralo a vzorek se neodebral?“. Ano, to by pak byla špatná negativita a o člověku možná nakaženém, bychom tvrdili, že nakažený není. Test pamatuje i na toto. A proto to samé, co se děje s virovou šňůrkou RNA, se děje i s jedním lidským úsekem RNA, který, byl-li vzorek řádně odebrán, je vždy přítomen. A pokud se tedy objeví ve výsledcích, pracovalo se správně nejen při odběru, ale i během celé složité analytické procedury.
Takto prováděný test trvá minimálně 6 – 7 hodin. Veškeré vzorky procházejí testem pod číslem, nikoliv pod jménem vyšetřovaného.

Mám rád podobenství. Představme si, že hledaný virus je jablko „Reneta“. Přišli jsme do sadu, kde jsou všechny možné ovocné stromy. Jenom strom s renetami nám může ublížit. Nejprve ovoce setřeseme. Je dole a už nám neublíží (= inaktivace). Pak vybereme jablka (= izolace RNA). Pak na každou stopku a pupík všech jablek zkusíme nasadit formičku, která pasuje jen na renety (= primery). A pak spočítáme, kde se nám to povedlo a kolik renet vlastně máme, pokud vůbec nějaké (= PCR).

 

Dr. Richard Lhotský, Laboratoř řasové biotechnologie
Dr. Kateřina Bišová, Laboratoř buněčných cyklů řas

2. dubna 2020
Foto: MBÚ Třeboň

Představujeme Vám tým Algakov

Mikrobiologický ústav AV ČR - Centrum Algatech v Třeboni Vám představuje tým Algakov! Jeho aktivními členy jsou prof. Prášil, dále dr. Bišová, doc. Koblížek a dr. Hrouzek (vedoucí třech našich laboratoří), vědečtí pracovníci dr. Tichý, dr. Piwosz a další, kteří nejsou na snímku, technici a administrativa - ing. Budín, J. Dean a A. Střížek (není na snímku). Autorem proutěného Covid -19 je pan Břetislav Černý z našich dílen (na snímku vpravo). Za poslední tři dny provedl náš tým cca 120 analýz vzorků odebraných v okrese Jindřichův Hradec.

Aktuální informace

Včera proběhl v MBÚ AV ČR - Centru ALGATECH v Třeboni první den analýz reálných vzorků z Nemocnice v Jindřichově Hradci. Všech 42 dodaných vzorků bylo na Covid-19 negativních. Dnes budeme v testování pokračovat. Velký dík všem, kteří se na tomto společném úsilí podílejí! Ostatním kolegům děkujeme za trpělivost, podporu a porozumění. (Ilustrační obrázek www.pixabay.com).

Z Laboratoře buněčných cyklů řas

Special Issue "Cell Cycle Regulation of Algae" Guest Edited by Dr. Kateřina Bišová. Read more►

Čeští a rakouští vědci slaví úspěch

Projekt „REEgain - Udržitelná biologická recyklace ekologicky problematických látek (prvků vzácných zemin) z elektronického odpadu a vody (ATCZ172)“ programu INTERREG V-A Rakousko-Česká republika byl vybrán dolnorakouskou vládou jako ukázkový projekt! Při té příležitosti bylo k projektu natočeno nové propagační video - shlédnout můžete na této adrese: https://youtu.be/dcOHqJH0Bu8. Čeští a rakouští vědci dokážou ekologicky recyklovat prvky vzácných zemnin z elektronického odpadu! Tisková zpráva zde►

Sympozium o produkci mikrořas ve Welsu, Rakousko

10. prosince 2019 proběhne v hornorakouském Welsu sympozium „Microalgae as Future Production Systems“ zaměřené na biotechnologii mikrořas.
Sympozium je součástí projektu Algenetics programu Interreg CZ-AT. Více informací zde

AB/Akademický bulletin 10/2019

Na straně 10 v sekci Ocenění článek o získaném prestižním ERC grantu prof. Komendy. Čtěte zde

Napsali o nás

https://sciencebusiness.net/news/how-attract-more-erc-eu10m-grants-eastern-europe

Foto, text: Science Business Publishing Ltd.

Reportáž k unikátnímu projektu PhotoRedesign prof. Komendy

na ČT24 z 16.10., 10:30, 21:09 min. https://www.ceskatelevize.cz/…/10101491767-…/219411058061016

Prof. Komenda získal 2 500 000 eur na lepší využití sluneční energie

Jak účinněji využívat sluneční energii a zvýšit pohlcování oxidu uhličitého na Zemi? S unikátním projektem PhotoRedesign přišel prof. Josef Komenda z Mikrobiologického ústavu Akademie věd ČR - Centra Algatech v Třeboni. „Získání grantu dokládá vysokou úroveň naší dosavadní vědecké činnosti, která se orientuje především na základní výzkum fotosyntézy. Grant významně přispěje k dalšímu rozvoji třeboňského pracoviště a díky úzké spolupráci s laboratořemi v Německu a Velké Británii pomůže začlenit do naší práce nové směry výzkumu, jako je syntetická biologie,” říká vedoucí laboratoře fotosyntézy Mikrobiologického ústavuJosef Komenda. Zaměřuje se na skládání fotosyntetických komplexů proteinů s pigmenty, které hrají důležitou roli ve využití sluneční energie. Čtěte více

ČTK

https://www.ceskatelevize.cz/ivysilani/12094108610-regiony-ct24/319281381961019/obsah/727479-uspesni-vedci

https://www.ceskatelevize.cz/ivysilani/11633975240-veda-24/219411058340032

Novinky.cz

ČT24

SCIENCEmag.cz

Cysnews

Ekolist.cz

https://plus.rozhlas.cz/grant-za-dva-a-pul-milionu-eur-na-vyvoj-superorganismu-miri-do-ceska-8091098

https://media.monitora.cz/pdf-preview/2711/69996428-be48b212b1507d64ac7d/

https://media.monitora.cz/pdf-preview/2711/69995856-84e2819cce9c536ba3ed/

http://trebon.zeleni.cz/josef-komenda-z-mikrobiologickeho-ustavu-v-treboni-ziskal-grant-s-25-miliony-e/?fbclid=IwAR1rn-37KMMxXIquqUtV-6pRDAjfpIsf_-AUTTXC__BoodXfsUoz5rXG3dg

iDNES.1cz 1/11/2019

TÉMA 45/2019,18-22

Festival vědy 2019

Věda v profesích“ – bylo motto letošního, již sedmého ročníku Festivalu vědy, který se konal na travnatých plochách před ČVUT u Vítězného náměstí v Praze 6. Festival, který je společným projektem vysokých škol, akademických a volnočasových institucí, měl tentokrát ukázat, že věda má rozmanité podoby i využití v každodenním životě. Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum ALGATECH v Třeboni se této propagační akce účastnilo poprvé. Festival navštívilo 18 000 návštěvníků všech věkových kategorií. 

 

 

 

Veletrh vědy a výzkumu Univerzity Palackého 2019

Letošní ročník této popularizační akce pořádané Univerzitou Palackého v Olomouci zval ná-vštěvníky do fascinujícího světa vědy. Akce se konala v pátek 7. a v sobotu 8. června. Prostřednictvím zábavných interaktivních experimentů, soutěží či představení návštěvníci poznávali rozličné aspekty každodenního využití vědy, vyzkoušet si je přišlo více než 3000 návštěvníků. Naše Centrum ALGATECH Mikrobiologického ústavu v Třeboni, zaujalo svou expozicí návštěvníky všech věkových kategorií. Prezentován byl způsob kultivace mikroskopických řas a sinic pomocí kultivátoru se sedmi válci s různými druhy řas a sinic, které také měly různé zbarvení. Návštěvníci tak mohli na první pohled pozorovat, jak vekou diverzitou skupina řas a sinic disponuje.

 

Veletrh vědy Akademie věd ČR 2019.

Poprvé se Mikrobiologický ústav AV ČR – Centrum Algatech zúčastnil veletrhu vědy v pražských Letňanech v roce 2016. Tehdy se návštěvnost této akce odhadovala na 8 000 návštěvníků. Po třech letech této reprezentativní akce většiny ústavů Akademie věd se návštěvnost vyšplhala na rekordních 30 000 návštěvníků. Na ploše 8 000 metrů tentokrát od 6. do 8. června vystavovalo více než 100 ústavů AV ČR, univerzit z celé republiky a firem zabývajících se inovacemi. Centrum Algatech ve své expozici prezentovalo svou činnost v oblasti základního i aplikovaného výzkumu mikroskopických řas a sinic. Tisková zpráva zde